Почему некоторые глаголы сохраняют историческое написание?

Некоторые глаголы сохраняют историческое написание по разным причинам, например:

• Частица «не-» стала частью корня. www.bolshoyvopros.ru Такое написание характерно для глаголов, например: негодовать, ненавидеть, недомогать. www.bolshoyvopros.ru
• Приставка «недо-» используется в глаголах со значением завершённости действия, но не на должном уровне. www.bolshoyvopros.ru Примеры: недосыпать (спать, но мало), недоедать (есть, но мало). www.bolshoyvopros.ru
• Глаголы изначально относились к другому спряжению, но современная формулировка правила сделала их исключениями. rus.1sept.ru К таким глаголам относятся, например: слышать, видеть, ненавидеть, зависеть, терпеть, гнать, держать, дышать, обидеть, смотреть, вертеть. rus.1sept.ru
• Сочетания произносятся так, как писались на заре письменности, когда согласные ж, ш были мягкими. rus.1sept.ru Пример: говорим «жы, шы», но пишем «жи, ши». rus.1sept.ru