Некоторые гены имеют частичную (неполную) пенетрантность из-за сложных генных взаимодействий в ходе развития. 1

На пенетрантность гена могут влиять и другие факторы, например:

• Условия окружающей среды. 12 Например, у примулы окраска цветков меняется в зависимости от температуры: розовая при 15–20 °С, белая при 30–35 °С. 2
• Другие гены. 3 На проявление мутации могут оказывать влияние другие гены. 3
• Возраст. 4 Пенетрантность того же гена может варьироваться от человека к человеку и зависеть от возраста. 4

Неполная пенетрантность может быть не только у рецессивных, но и у доминантных признаков. 3