Некоторые доминантные признаки могут проявляться в неполной форме из-за неполного доминирования — особого типа взаимодействия аллелей, при котором более слабый рецессивный признак не может быть полностью подавлен доминантным. 4

На молекулярном уровне неполное доминирование может объясняться двукратным снижением активности фермента или другого белка. 1 Например, за белую окраску может отвечать дефектный аллель, который даёт неактивный фермент, а за красную — нормальный аллель, который даёт фермент, производящий красный пигмент. 1 При половинной активности этого фермента у гетерозигот количество красного пигмента снижается вдвое, и окраска розовая. 1

Также неполное доминирование может встречаться, когда доминантный аллель даёт функциональный белок, а рецессивный — дефектный. 1 В этом случае нефункциональная аллель даёт дефектный белок, который подавляет функцию белка, образуемого нормальной аллелью. 1 Дефектный белок «доминирует» над стандартным, и фенотип гетерозиготы более походит на фенотип гомозиготы по дефектным аллелям. 1