Некоторые биологические объекты могут быть невидимыми для микроскопа из-за особенностей их оптических свойств. 1

Есть амплитудные объекты, которые изменяют амплитуду прошедшего через них или отражённого от них света и поэтому видны через микроскоп без дополнительных оптических устройств. 1

Есть фазовые объекты, которые не изменяют амплитуду света, а изменяют лишь его фазу, к чему глаз не чувствителен. 1 Такие объекты в обычный микроскоп не видны, и для их наблюдения требуется применение специальных устройств, например фазовоконтрастных, интерференционных и других. 1

Кроме того, некоторые объекты могут быть непрозрачными для видимого света, и обычные оптические микроскопы не позволяют их рассматривать. 5 Для таких образцов используют, например, рентгеновские микроскопы, которые могут отображать внутреннюю часть непрозрачных образцов, так как рентгеновские лучи легко проникают сквозь вещество. 5