Некоторые причины, по которым бактерии могут быть устойчивы к окрашиванию по Граму:

• Наличие в клеточной стенке большого количества липидов и восков. 3 Это делает бактерии устойчивыми к последующему после окрашивания обесцвечиванию кислотами, щелочами или этанолом. 3 Например, к таким бактериям относятся виды Mycobacterium или Nocardia. 3
• Отсутствие клеточной стенки. 24 Например, у бактерий рода Mycoplasma отсутствует клеточная стенка вокруг их клеточных мембран, поэтому они не окрашиваются по методу Грама. 2

Способность к окрашиванию зависит от структуры клеточной стенки бактерии. 4 У грамположительных бактерий она мощная, толстая, а у грамотрицательных — значительно тоньше. 4