Некоторые причины, по которым бактерии могут быть окрашены в разные цвета при использовании метода Грама:

• Наличие у грамположительных бактерий ненасыщенных жирных кислот. 1 Они могут связываться с йодом, что делает клеточную стенку непроницаемой для нейтрального спирта. 1 В результате спирт не может проникнуть в клетку и обесцветить краситель. 1
• Различие в кислотно-основных свойствах протоплазмы. 1 Изоэлектрическая точка грамотрицательных бактерий более смещена в щелочную среду, в то время как грамположительные бактерии проявляют более сильные кислотные свойства. 1
• Различие в клеточной стенке, её толщине и проницаемости. 1 У грамположительных бактерий она достаточно широкая, что способствует более глубокому проникновению в неё красителя. 1 У грамотрицательных бактерий клеточная стенка более тонкая, поэтому при промывании после окрашивания спирт обесцвечивает краситель, и характерная окраска исчезает. 1

По завершении окрашивания по Граму грамположительные клетки становятся фиолетовыми, а грамотрицательные — от розового до красного. 2