Некоторые аспекты молекулярной эволюции остаются неясными из-за трудностей и противоречий в объяснении её причин, движущих сил, механизмов естественного отбора и происхождения генетического кода. 3

Некоторые проблемы:

• Редкость функциональных белковых последовательностей. 1 Подавляющее большинство из них не дают стабильных белков и не могут функционировать в живых организмах. 1 Из-за такой редкости случайным мутациям трудно взять белок с одним типом сложения и эволюционировать в другой, не пройдя через какую-то нефункциональную стадию. 1
• Упорядоченность генетических текстов. 5 Вопреки ожиданиям, основанным на классической дарвиновской теории эволюции, генетические тексты выглядят не случайными последовательностями, а, напротив, в них присутствует строгая упорядоченность. 5
• Происхождение жизни. 1 Теоретики происхождения жизни должны объяснить, как аминокислоты или другие ключевые органические молекулы соединились в длинные цепи (полимеры), такие как белки (или РНК). 1
• Происхождение РНК. 1 Некоторые теоретики предполагают, что первая жизнь могла использовать только РНК для выполнения всех функций. 1 Но с этой гипотезой связано много проблем, например, первые молекулы РНК должны были возникнуть в результате неуправляемых, небиологических химических процессов. 1