Некоторые аминокислоты могут нарушать формирование α-спирали в белке по разным причинам, например:

• Наличие объёмных боковых цепей. 1 Аминокислоты с такими цепями, как валин или изолейцин, могут создавать стерические помехи, если расположены в непосредственной близости внутри спирали. 1
• Полярные или заряженные боковые цепи. 1 Они могут нарушать спиральную структуру, создавая неблагоприятные электростатические взаимодействия. 1
• Остатки пролина. 24 В остатке пролина при атоме азота, образующем пептидную связь с другой аминокислотой, нет атома водорода. 2 Поэтому остаток пролина не способен образовывать внутрицепочечную водородную связь. 2 Кроме того, атом азота в пролине входит в состав жёсткого кольца, что делает невозможным вращение вокруг связи N–C и образование спирали. 2
• Расположение нескольких положительно или отрицательно заряженных аминокислотных остатков подряд. 2 Такой участок не примет α-спиральной структуры из-за взаимного отталкивания одноименно заряженных радикалов. 2

Кроме того, образованию α-спирали препятствуют аминокислоты с заряженными и объёмными радикалами, такие как аспарагиновая, глутаминовая кислоты, гистидин, триптофан. 5