Негомологичные хромосомы важны в эволюции живых организмов, потому что они являются механизмом перекомбинации генов внутри хромосомного набора каждого вида. 34

Например, сайт-специфическая рекомбинация, происходящая между негомологичными хромосомами, способна вызвать значительные изменения в экспрессии генов в популяции. 1 В результате организм приобретает новые признаки или теряет уже имеющиеся, что влияет на его адаптацию к окружающей среде. 1

Также хромосомные перестройки, происходящие как внутри одной хромосомы, так и между негомологичными хромосомами, могут изменять поведение хромосом в мейозе, действие генов, свойства доминирования генов, характер рекомбинации генов, гаметогенез и т. д.. 3