Наличие или отсутствие бластоцеля имеет разное значение для эмбриогенеза различных видов животных, потому что в ходе дальнейшего развития бластоцель превращается в первичную полость тела. 1

У ряда низших беспозвоночных (например, у плоских и круглых червей) она является основной, а у высших беспозвоночных и позвоночных почти нацело вытесняется возникающей позже вторичной полостью тела (целомом). 1

Кроме того, бластоцель — первый возникающий по ходу развития отсек внутренней среды организма, отличающийся по своему ионному составу от наружной среды. 1

Например, у амфибий бластоцель меньших размеров и смещён к анимальному полюсу, а у некоторых насекомых (например, у перибластулы) полости в зародыше нет (бластодерма представлена одним рядом клеток, окружающими желток). 3