Мухомор шишковидный считается редким грибом из-за узкой экологической амплитуды, ярко выраженной кальцефильности и теплолюбивости, а также из-за антропогенного воздействия. 15

Некоторые факторы, которые ограничивают распространение вида:

• Место обитания: в России мухомор шишковидный встречается только в Белгородской области, в Новооскольском и Валуйском районах. 15
• Предпочтение определённым условиям: гриб образует симбиотические связи с дубом, буком и липой, предпочитает карбонатные почвы. 15
• Редкость встречаемости: точная численность популяции неизвестна. 5

Из-за редкости вида мухомор шишковидный внесён в Красную книгу России. 35