Молекулярные данные становятся всё более важным инструментом в изучении эволюционного древа животных по нескольким причинам:

• Высокая разрешающая способность. 1 Молекулярные данные, такие как последовательности ДНК или белков, позволяют обнаруживать тонкие различия между видами, которые могут не быть очевидными на основе морфологии. 1
• Объективность. 1 В отличие от морфологических признаков, молекулярные данные менее подвержены субъективности и интерпретационной ошибке. 1
• Меньшая подверженность конвергентной эволюции. 1 Конвергентная эволюция происходит, когда не связанные виды эволюционируют сходными признаками из-за сходных экологических давлений. 1 Молекулярные данные менее подвержены этому эффекту, поскольку они основаны на генетическом коде, который эволюционирует более медленно и отражает эволюционную историю более точно. 1
• Разрешение глубоких эволюционных отношений. 1 Молекулярные данные особенно полезны для разрешения глубоких эволюционных отношений между дистантно связанными видами, которые могут не показывать очевидных морфологических сходств. 1
• Возможность изучения вымерших видов. 2 Сравнивая гены разных видов, можно изучать гены не только ныне живущих организмов, но и давно вымерших видов, используя следы ДНК в ископаемых останках. 2