Молекулярная филогения преобладает над классической палеонтологией по нескольким причинам:

• Более высокая информационная ёмкость. 1 Молекулярные данные, такие как последовательности ДНК или белков, обеспечивают высокую разрешающую способность, что позволяет обнаруживать тонкие различия между видами, которые могут не быть очевидными на основе морфологии. 1
• Меньшая субъективность. 1 Морфологические признаки могут быть субъективными и подвержены интерпретационной ошибке. 1 Молекулярные данные, с другой стороны, более объективны и менее подвержены субъективности. 1
• Меньшая конвергентная эволюция. 1 Морфологические признаки могут быть подвержены конвергентной эволюции, что может привести к неправильному размещению видов в филогенетическом дереве. 1 Молекулярные данные менее подвержены этому эффекту, поскольку они основаны на генетическом коде, который эволюционирует более медленно и отражает эволюционную историю более точно. 1
• Разрешение глубоких эволюционных отношений. 1 Молекулярные данные особенно полезны для разрешения глубоких эволюционных отношений между дистантно связанными видами, которые могут не показывать очевидных морфологических сходств. 1

Таким образом, достижения в области молекулярной филогении позволяют учёным исследовать эволюционные вопросы на генетическом уровне, а не полагаться только на фенотипические вариации. 5