Модульную систему образования применяют реже, чем четвертную, возможно, из-за некоторых недостатков модульной системы, среди которых:

• Короткие периоды учёбы и отдыха. 1 За пять недель дети не успевают сильно устать, но неделя — слишком маленький срок, чтобы как следует отдохнуть и набраться сил. 1
• Несовпадение каникул. 14 Каникулы в школах и организациях дополнительного образования часто не совпадают, в результате отдых детей получается неполноценным. 4
• Сложности с организацией досуга. 14 Родителям ребят, которые обучаются по триместрам, сложнее организовать для них досуг. 1
• Временные затраты на подготовку модульных программ и материалов. 2

При этом у каждой из систем есть свои плюсы и минусы, и выбор формата обучения зависит от индивидуальных особенностей, возраста и целей учеников. 1