Модель атома Резерфорда не смогла объяснить все свойства атомов по нескольким причинам:

• Неспособность объяснить стабильность атомов. 1 В модели Резерфорда электроны вращаются вокруг ядра подобно планетам, вращающимся вокруг Солнца. 1 Согласно классической электромагнитной теории, такие ускоряющиеся заряженные частицы должны постоянно терять энергию и в конечном итоге разрушаться в ядре. 1 Однако в реальности атомы устойчивы. 5
• Неспособность объяснить атомные спектры. 1 Модель Резерфорда предсказывала непрерывный спектр света, излучаемого атомами при определённых условиях. 1 Однако экспериментальные наблюдения показали, что элементы излучают свет в виде дискретных спектральных линий, которые модель не могла объяснить. 1
• Отсутствие объяснения химических свойств. 1 Модель Резерфорда фокусируется на структуре атома, но не даёт никакого дальнейшего объяснения химических свойств или взаимодействий между различными элементами. 1
• Пренебрежение спином электрона. 1 В модели Резерфорда отсутствует концепция электронного спина, которая является неотъемлемым свойством электронов и оказывает значительное влияние на поведение и свойства атомов. 1
• Упрощённый характер ядра. 1 В модели Резерфорда ядро упрощено как единственная положительно заряженная частица, которая является источником всей атомной массы. 1 При этом пренебрегается существованием нейтронов. 1

Для устранения недостатков модели Резерфорда потребовалась дальнейшая доработка, что привело к развитию квантовой механики. 13