Несколько причин, по которым многоклеточность чаще встречается у эукариотических организмов:

• Присутствие цитоскелета, фагоцитоза и системы мембранных везикул. 1 Они дают клетке больше возможностей отвечать на разнообразные сигналы изменением своего фенотипа, облегчая дифференцировку. 1
• Строение генома эукариот. 14 Оно в большей степени благоприятствует возникновению регуляторных сетей, необходимых для дифференцировки. 1
• Сложность генома эукариотических клеток. 2 Он обеспечивает гибкость («настраиваемость») клеток, их способность изменять свой метаболизм и строение. 2

Таким образом, эукариоты эволюционно более предрасположены к формированию многоклеточных структур, чем прокариоты. 1