Есть несколько версий, почему многие виды мегафауны вымерли в позднем плейстоцене: 5

• Деятельность первобытных охотников. 5 Крупные животные, находившиеся на вершине пищевой цепи, не были готовы к встрече с вооружённым противником и служили лёгкой добычей. 4
• Изменения климата. 14 В конце плейстоцена, примерно 12 800 лет назад, после нескольких тысячелетий общего потепления, климат резко вернулся в ледниковую фазу. 4 Это было последнее сильное похолодание на Земле. 4
• Изменение условий среды обитания. 3 Резко изменились внешние условия (пищевая база, температурный режим атмосферы, погодные условия и т. п.). 3 Это серьёзно сказалось на размножении животных и уменьшении их численных соотношений в зооценозе. 3

Также существует множество других версий, среди которых эпизоотия, падения астероидов, комет, извержения вулканов, инбридинг. 5 Все они объясняют только отдельные эпизоды вымирания мегафауны. 5