Объединение лопастепёрых и лучепёрых рыб в один класс в современных исследованиях может быть связано с общим строением костного скелета и черепа. 2 Эти два класса являются сестринскими группами, что указывает на их близость. 2
Кроме того, исследования показали, что некоторые особенности строения, сходные у лопастепёрых и многопёрообразных рыб (мясистые лопасти парных плавников и плавательный пузырь, используемый для дыхания атмосферным воздухом), возникли в этих группах независимо, то есть развились в результате конвергентной эволюции. 1
Ещё во второй половине XX века лопастепёрые и лучепёрые рыбы включались в класс костных рыб в качестве подклассов, однако в последние десятилетия большинством ихтиологов рассматриваются как самостоятельные классы. 5