Многие программы реинтродукции животных завершаются неудачей по разным причинам, среди которых:

• Изменение мест обитания и климата. 1 Вновь заселённый вид не может приспособиться к новым условиям. 1
• Поведенческие отклонения. 2 Выращенные в неволе животные имеют нарушения в пищевом и пространственном поведении, изменения в суточных и сезонных ритмах. 2
• Генетические проблемы. 1 Возрождение животных из нескольких особей может привести к близкородственному скрещиванию, что вызывает проблемы со здоровьем и низкую способность сопротивляться болезням. 1
• Использование неподходящих особей. 1 Например, в программе восстановления популяции морских выдр в Орегоне использовали северных особей вместо южных, что затруднило их адаптацию к местным условиям. 1
• Нехватка пространства и ресурсов. 3 Не хватает места и ресурсов для сохранения популяций животных на неопределённый срок. 3

Конкретные причины провала той или иной программы реинтродукции зависят от комбинации факторов, которая специфична для каждого вида животных. 2 Во многих программах эти причины так и не выявлены. 2