Многие африканские языки являются языковыми изолятами из-за сомнений в генетическом единстве некоторых языковых семей. 1 В частности, под вопросом находится единство нило-сахарской и койсанской языковых семей. 1

Также существует гипотеза, что Африка когда-то была лингвистически разнообразна, но это разнообразие было уничтожено расселением предков носителей современных африканских макросемей. 2

Кроме того, для некоторых африканских языков недостаточно данных, чтобы их классифицировать, особенно если они уже вымерли. 1

В итоге целый ряд языков Африки (от 10 до 30) рассматривается учёными в качестве изолированных, то есть не относящихся ни к одной из известных языковых групп и семей. 4