Митохондрии считаются симбиотическими органеллами в клетках эукариот согласно теории симбиогенеза. 23

Согласно этой теории, митохондрии — потомки определённых групп бактерий, которые вступили в симбиоз с предками современных эукариот. 2 Вероятно, митохондрии произошли от альфа-протеобактерий. 3 Эти бактерии были поглощены предковой клеткой, но не переварены, а вместо этого вступили во взаимовыгодные отношения. 3 Клетка-хозяин предоставляла бактериям защиту и питательные вещества, в то время как бактерии обеспечивали её энергией. 3 Со временем эти бактерии утратили свою независимость и стали интегральной частью клетки. 3

Современные генетические и молекулярные исследования в значительной степени подтвердили основные положения теории симбиогенеза. 3 Анализ геномов митохондрий показывает их близкое родство с определёнными группами прокариотических организмов. 3