Митохондрии считают одомашненными потомками альфа-протеобактерий, потому что это следует из эндосимбиотической гипотезы происхождения эукариот. 12

Согласно ей, предок эукариот (архея) вступил в симбиоз с предком митохондрий (α-протеобактерией), в результате чего появился принципиально новый организм, давший начало полноценным эукариотам. 2

В пользу этого предположения говорят и особенности митохондрий: у них есть собственная ДНК и рибосомы, они могут делиться независимо от самой клетки. 2 Ещё они обладают двойной мембраной, причём внутренняя имеет сложную структуру со складками (кристами), для того чтобы увеличить площадь поверхности, на которой протекают биохимические реакции. 2

Также на происхождение митохондрий от альфа-протеобактерий указывают данные сравнения генов, которые показывают близкое родство митохондриального генома с геномами альфа-протеобактерий. 45