Митохондрии и хлоропласты называют симбионтами, потому что согласно теории симбиогенеза, они произошли в результате симбиотических отношений с предковыми эукариотическими клетками. 23

Считается, что эти органеллы возникли из свободноживущих прокариотических организмов. 2 Например:

• Митохондрии произошли от альфа-протеобактерий. 2 Эти бактерии были поглощены предковой клеткой, но не переварены, а вместо этого вступили во взаимовыгодные отношения. 2 Клетка-хозяин предоставляла бактериям защиту и питательные вещества, в то время как бактерии обеспечивали её энергией. 2 Со временем эти бактерии утратили свою независимость и стали интегральной частью клетки. 2
• Хлоропласты сформировались в результате симбиоза фототрофных прокариот (цианобактерий) с более крупными эукариотическими клетками водорослей или простейших. 3 Клетка-хозяин не переварила аэробные фотосинтезирующие цианобактерии, а оставила для последующего использования их продуктов фотосинтеза, что дало преимущество эукариотам в борьбе за существование. 3