Митохондриальная ДНК (мтДНК) важна для исследования генетической истории популяций благодаря своим уникальным свойствам: 3

• Передача по материнской линии. 13 Это определяет то, что мутации, возникшие в мтДНК однажды, сохраняются и передаются неизменными в ряду поколений. 1
• Высокая скорость накопления мутаций. 4 Это позволяет проследить их постепенное «наслоение», не разбиваемое рекомбинационными событиями. 4
• Возможность установить генеалогические связи. 23 Это даёт возможность изучать генетические процессы на уровне отдельных популяций, регионов и континентов. 3
• Возможность реконструировать генетические события. 1 По спектру гаплотипов мтДНК в популяции можно проследить эволюционные взаимосвязи между древними и вновь возникающими гаплотипами и реконструировать генетическую историю женского генофонда популяции. 1