Микроорганизмы классифицируются в разных царствах на основе различий в их строении, жизнедеятельности и условиях обитания. 3

Согласно современной систематике, все микроорганизмы относятся к трём царствам: 2

1. Vira — вирусы; 25
2. Eucaryotae — простейшие и грибы; 25
3. Procaryotae — преимущественно одноклеточные микроорганизмы. 2

Прокариоты отличаются от эукариотов тем, что не имеют морфологически оформленного ядра, сетчатого аппарата Гольджи, эндоплазматической сети, митохондрий. 2

Для научно обоснованной классификации микроорганизмов используют комплекс признаков: морфологические (форма клеток, размеры, подвижность, размножение, спорообразование), культуральные (характер роста на жидких и плотных питательных средах), физиолого-биохимические (характер накапливаемых продуктов) и генотипические (физико-химические свойства ДНК). 1