Некоторые причины, по которым микроклональное размножение сложно применять к древесным растениям:

• Медленный рост. 12 Древесные, особенно хвойные, растения характеризуются медленным ростом. 2
• Плохая укореняемость. 14
• Содержание фенольных соединений. 1 В изолированных тканях эти вещества окисляются, что приводит к ингибированию деления и роста клеток. 25
• Накопление внутренней инфекции. 15 С возрастом дерева-донора регенерация тканей значительно замедляется, в них происходит накопление инфекции. 1
• Сложности с адаптацией. 1 Микроклонально размноженные растения нужно медленно адаптировать к условиям в природе: высаживать в грунт под плёночными покрытиями, обеспечивать повышенную влажность, подбирать температурные условия. 1

Несмотря на эти сложности, учёные успешно размножают некоторые виды древесных растений, например каштан, дуб, берёзу, клён, осину, секвойю. 12