Межпородное скрещивание может негативно влиять на продуктивность гибридов по нескольким причинам:

• Нарушение баланса хромосом и генов. 3 При межвидовой гибридизации часть хромосом или участков хромосом не гомологичны. 3 В результате при образовании половых клеток они не могут правильно взаимодействовать и расходиться к полюсам, что приводит к «бракованным» гаметам и бесплодию гибрида. 34
• Снижение приспособленности гибридов старшего поколения. 5 Это результат сегрегации и рекомбинации в высокогетерозиготной гибридной популяции. 5

Однако при неродственном скрещивании может наблюдаться эффект гетерозиса (гибридной силы) — повышение жизнеспособности и продуктивности гибридов по сравнению с родительскими формами. 1