Методы построения генетических карт различаются в разных лабораториях из-за используемых модельных объектов и доступных данных. 15

Гибридологическими методами карту можно построить только для хорошо изученных с генетической точки зрения модельных объектов, таких как дрозофилы, дрожжи, мыши, кишечная палочка. 1 Для построения полной генетической карты организма необходимо большое количество фенотипических маркеров. 1

Также методы могут отличаться в зависимости от того, какие данные используются для картирования: например, при современных методах расстояние между генами измеряется в тысячах пар нуклеотидов и соответствует физическому, а при анализе родословных человека расстояния между маркерами устанавливают по частоте их рекомбинации 135.

Таким образом, различия в методах построения генетических карт могут быть связаны с используемыми модельными объектами и доступными данными для исследований.