Метод Саузерн-блоттинга важен в молекулярной биологии, потому что он позволяет обнаружить и количественно определить определённую последовательность ДНК в образцах. 13

Вот некоторые причины, почему этот метод полезен:

• Определение количества последовательностей (например, копий генов) в геноме. 1
• Идентификация рестрикционного фрагмента определённого размера в смеси с разными размерами переваренной ДНК. 1 Это помогает выявить изменения, происходящие в генах: вставки, перестройки, делеции и точечные мутации. 1
• Идентификация метилированных сайтов в определённых генах. 1
• Определение генетических заболеваний, ДНК-содержащих вирусов, кровного родства, а также применение в криминалистике. 2