Метод окраски по Цилю-Нильсену стал революционным в микробиологии, потому что он позволяет быстро и эффективно выявлять кислотоустойчивые микроорганизмы, в том числе возбудителей туберкулёза и других микобактериальных инфекций. 14

Это стало возможным благодаря тому, что при одновременном воздействии нагрева и сильного протравливающего вещества — фенола (карболовой кислоты) — облегчается проникновение анилинового красителя в микробную клетку и, особенно, в структуры её клеточной стенки. 4 Последующее обесцвечивание мазка приводит к обесцвечиванию всех некислотоустойчивых структур. 4 Только кислото- и спиртоустойчивые микроорганизмы стойко удерживают краситель и остаются после обесцвечивания окрашенными в малиново-красный цвет. 4

Таким образом, метод Циля-Нильсена обеспечивает чёткую дифференциацию кислотоустойчивых бактерий от некислотоустойчивых, что позволяет использовать его для точной диагностики заболеваний. 3