Метод микроскопии неэффективен для идентификации анаэробных бактерий, потому что при таком исследовании можно определить лишь форму, размеры, взаиморасположение микроорганизмов, их структуру и способность окрашиваться определёнными красителями. 4

Для идентификации анаэробных бактерий более эффективным считается метод полимеразной цепной реакции (ПЦР), который основан на анализе генетического материала бактерий и занимает всего несколько часов. 1