Метод Крамера может быть неэффективен для систем с большим количеством уравнений из-за вычислительной трудоёмкости. 13

В случае n уравнений с n неизвестными требуется вычисление n + 1 определителей, в то время как, например, метод Гаусса даёт результат с той же вычислительной сложностью, что и вычисление одного определителя. 3

Также метод Крамера может быть численно неустойчивым даже для систем 2×2. 3

Для больших систем рекомендуется применять более изощрённые методы из соображений устойчивости и вычислительной трудоёмкости. 1

Кроме того, метод Крамера неприменим, если количество уравнений не совпадает с количеством переменных или если определитель матрицы равен нулю. 12