Манулы считаются критически важными для сохранения биоразнообразия в их ареалах, потому что вид редок и местами находится на грани исчезновения. 14

Некоторые причины сокращения численности манулов:

• Браконьерская охота ради меха. 12 До середины XX века манул был объектом промысловой охоты, но с 1970-х годов охота на него запрещена. 2
• Ухудшение кормовой базы из-за снижения численности сурков и других грызунов. 1
• Воздействие других животных, например волков и филинов, которые уничтожают много зверей, особенно молодых. 1
• Многоснежные зимы и продолжительный гололёд. 1

Манулы приспособлены только к определённым средам обитания, что объясняет фрагментированность их ареала. 4

Вид занесён в Красную книгу Российской Федерации, в Красный список МСОП со статусом «близкий к угрожаемому» и в Приложение II Конвенции CITES. 1