Макронуклеус инфузорий не может эффективно разделять свой геном, потому что у него не обнаружен механизм, обеспечивающий равное разделение генетического материала в ходе деления ядра. 23

При бесполом размножении нанохромосомы макронуклеуса хаотично распределяются по двум дочерним ядрам, и ошибки при таком неупорядоченном разделении генетического материала частично компенсируются за счёт генов макронуклеуса. 5 Но через несколько поколений вегетативное ядро накапливает достаточно ошибок, и возникает необходимость в половом процессе — конъюгации. 5

Также в ходе образования макронуклеуса геном не только многократно дублируется, но и модифицируется: длинные хромосомы разрезаются на несколько более мелких, некоторые фрагменты генома удаляются, другие меняются местами. 1