Магнитные бури влияют на навигацию космических кораблей по нескольким причинам:

• Увеличение плотности термосферы. 3 Когда атмосфера поглощает энергию магнитных бурь, она нагревается и расширяется вверх. 3 Это приводит к повышению плотности термосферы, что создаёт большее лобовое сопротивление для спутников. 3
• Повреждение электроники. 3 Во время сильных магнитных бурь в магнитосфере увеличивается количество высокоэнергетичных электронов. 3 Они проникают через экранирование космического корабля и накапливаются в его электронике. 3 Это может привести к разряду и повреждению электроники. 3
• Нарушение способности спутников связываться с Землёй. 3 Многие коммуникационные технологии, например GPS, основаны на радиоволнах. 3 Во время магнитных бурь изменения в ионосфере изменяют способ распространения радиоволн. 3 Это затрудняет привязку к сигналам GPS и может привести к отклонению определения местоположения на несколько метров. 3
• Проблемы с ориентацией. 2 Самые интенсивные магнитные бури (уровня G5) могут вызвать у космических аппаратов проблемы с ориентацией, со связью и слежением за космическими кораблями. 2