Лотос орехоносный считается одним из самых уязвимых растений в мире из-за сокращения численности. 14

Некоторые причины уменьшения популяции:

• Загрязнение водоёмов. 4 Плохая экологическая ситуация делает среду обитания лотоса непригодной для его произрастания. 4
• Осушение и заиливание водоёмов. 4
• Хозяйственная деятельность человека. 4 Освоение пойм рек, гидротехническое строительство, мелиоративные работы, применение удобрений — всё это влияет на численность лотоса. 4
• Неконтролируемый сбор. 4 Люди срывают цветки и вылавливают корневища лотоса. 4
• Природные катаклизмы. 4 Например, паводки, которые затопляли заросли лотоса и препятствовали его цветению. 1

В 1988 году лотос орехоносный был занесён в Красную книгу. 1