Лизосомы считаются одними из наиболее эволюционно древних клеточных структур, потому что они характерны для клеток всех эукариот. 34
Наличие лизосом свойственно большинству протистов и грибам, в то время как у прокариот они отсутствуют, так как у них отсутствует фагоцитоз и нет внутриклеточного пищеварения. 34