Лизогения важна для развития бактерий и бактериофагов по нескольким причинам:

Для бактерий лизогения позволяет получать в составе профага ранее утраченные или новые гены. 1 Наличие профага может придавать клетке определённые селективные преимущества, в том числе патогенные и вирулентные свойства. 1 Также лизогенные бактерии становятся «иммунными» к повторному заражению. 2

Для бактериофагов лизогения обеспечивает возможность для длительной эволюции. 1 Геном фага, сохраняясь долгое время в бактериальной клетке в условиях, неблагоприятных для вегетативного развития, получает возможность для эволюции путём накопления мутаций, рекомбинации с другими генетическими элементами или захвата прилежащих бактериальных генов. 1

Кроме того, при лизогении происходит изменение наследственных свойств не только бактериальной клетки, но и фага: размножаясь в клетке, он способен захватывать некоторые гены бактерии и, инфицируя другую клетку, передаёт приобретённые гены новому хозяину. 2