Лилия кудреватая считается редким растением в некоторых регионах России по нескольким причинам:

• Разорванный ареал. 1 Растение растёт отдельными участками, что приводит к снижению общей численности популяции. 1
• Чувствительность к изменению условий среды. 1 Лилия кудреватая чувствительна к увлажнению грунта и освещённости. 1
• Длительный срок развития. 1 При нормальном развитии растение начинает цвести в возрасте 4–6 лет. 1
• Вред, наносимый человеком. 1 Выпас скота, разработка земель, сбор цветов на букеты и выкапывание луковиц для пересадки на садовые участки приводят к сокращению популяции лилии кудреватой. 1

В европейской части России, в том числе в Московской области, растение считается редким и охраняемым. 4 Однако на Урале и в Сибири лилия кудреватая обычна. 4