Кукушкин лён считается важным элементом экосистем, потому что он выполняет следующие функции:

• Защищает почву от эрозии. 2 Дернины мха густые и плотные, они хорошо накапливают и сберегают влагу. 1
• Предоставляет убежище для различных микроорганизмов. 2 В лесных моховых подушках обитает множество мелких животных — черви, моллюски, насекомые. 3
• Работает как биологический фильтр, очищая воздух и воду. 2
• Способствует заболачиванию местности. 14 Разрастание кукушкина льна вызывает переувлажнение почвы и впоследствии — заболачивание территории. 5
• Участвует в торфообразовании. 15 Залежи торфа образованы слежавшимися остатками листостебельных мхов, в том числе кукушкина льна. 3