Кубышка считается важным элементом биоразнообразия водоёмов по нескольким причинам:

• Формирование особых условий среды. 1 Плавающие листья кубышки уменьшают испарение воды и понижают её температуру. 1
• Защита и субстрат для организмов. 1 Заросли кубышки служат убежищем и опорой для большого числа видов: планктонных и перифитонных водорослей, гидр, мшанок, плоских и кольчатых червей, клещей, ракообразных, насекомых, моллюсков. 1
• Препятствие «цветению воды». 15 Активная фитонцидная деятельность кубышки угнетает патогенные организмы и грибы, а также оказывает аллелопатический эффект на другие водные растения. 1
• Обеспечение кислородом. 1 В зимний период у кубышки сохраняются листья, и выделяемый ими при фотосинтезе кислород существенно пополняет его содержание в водоёме. 1
• Пищевой ресурс для животных. 13 Корневища и семена кубышки служат кормом для рыб, водоплавающих птиц, ондатр, бобров. 3