Ктырь горбатый относится к редким и исчезающим насекомым, потому что численность его локальных популяций низкая. 2

Некоторые факторы, влияющие на сокращение количества этих мух:

• Освоение и преобразование человеком естественных местообитаний, в том числе вырубка старовозрастных лесов. 2
• Интенсивная рекреация. 2

Ктырь горбатый занесён в Красные книги России и некоторых регионов, например Челябинской области. 1 Для сохранения вида важно, в частности, сохранять сосновые леса, так как личинки ктыря развиваются именно в сухостойной древесине этих пород. 23