Ктырь горбатый считается редким насекомым, потому что численность его локальных популяций низкая. 1

Некоторые факторы, влияющие на сокращение количества этих мух:

• Освоение и преобразование человеком естественных местообитаний, в том числе вырубка старовозрастных лесов. 1

Ктырь горбатый занесён в Красные книги России и некоторых регионов, например Челябинской области. 2 Для сохранения вида важно сохранять сосновые леса, в которых развиваются личинки этих мух. 13