Криоэлектронная микроскопия считается альтернативой рентгеновской кристаллографии, потому что позволяет наблюдать за образцами в их родной среде. 12 В то время как рентгеновская кристаллография требует кристаллизации образца, что может быть затруднено, и помещения его в нефизиологические среды. 1

Кроме того, криоэлектронная микроскопия даёт возможность изучать не только статичные белки, но и различные процессы, в которые они вовлечены. 3 Это позволяет увидеть структурные изменения в биомолекулах в ходе ферментативных реакций, что для традиционной рентгеновской кристаллографии невозможно. 3

Ещё одно преимущество криоэлектронной микроскопии — отсутствие необходимости в получении кристаллов. 5 Это даёт возможность получать изображения биологических объектов в широком диапазоне молекулярных весов и исследовать их в естественном состоянии. 5