Кости черепа развиваются в ходе трёх последовательных стадий: перепончатой, хрящевой и костной, из-за особенностей формирования мозга, органов чувств и жаберного аппарата. 13

Развитие мозгового черепа происходит одновременно с развитием головного мозга. 3 На первом месяце эмбриогенеза развивается перепончатый череп, который состоит из соединительной ткани. 3 По мере дальнейшего развития мозга, нервов и сосудов костный череп формируется вокруг них, в результате чего в нём образуется множество отверстий и каналов, служащих для прохождения сосудов и нервов. 4

Развитие лицевого черепа происходит на основе хрящей жаберных дуг, что связано с индукционным влиянием глотки. 5 Часть костей проходит хрящевую стадию (подъязычная кость, шиловидный отросток височной кости), остальные кости лицевого черепа формируются как первичные (покровные) кости. 2

Для человека и высших млекопитающих перепончатая и хрящевая стадии являются временными: они переходят одна в другую и в некоторой степени соответствуют постоянным формам в филогенезе. 24