Нельзя однозначно сказать, почему корень «глот» считается одним из самых сложных для проверки в русском языке. Однако есть информация о некоторых особенностях этого корня:

• Чередование «глот» и «глат». 2 Выбор написания зависит от суффикса: если используется «-ыва-», «-ива-», то пишется «глат» (проглатывать), в других случаях — «глот». 2
• Проверка буквы «т». 1 Для этого нужно подобрать однокоренное слово с корнем «глот» так, чтобы после буквы «т» стояла гласная (проглотить, проглотил, проглотит, поглотит, глотать и так далее). 1
• Подбор проверочного слова. 5 Например, для слова «проглотить» проверочное слово — «глОтка», так как ударение падает так, что чётко слышится буква «о». 5