Концепция рептильного мозга критикуется в современной нейробиологии, потому что мозг не работает отдельными секциями, каждая из которых играет отдельную роль. 1 Области мозга, какими бы анатомически разными они ни были, тесно взаимосвязаны и представляют собой паутину нейронных сетей. 1

Кроме того, концепция ошибочно предполагала, что новые участки мозга в ходе эволюции позвоночных добавлялись поверх существующих, старых участков, расширяя функционал мозга. 5 Фактически же у всех позвоночных мозг можно разделить на различающиеся по форме передний, средний и задний мозг, что прослеживает эволюцию от общего предка, то есть основные эволюционные изменения касались изменения уже существующих частей мозга, а не добавления новых. 5

Таким образом, концепция триединого мозга признана устаревшей и ненаучной. 5