Комплементарность белка и лиганда важна для биологических процессов, потому что она обеспечивает высокую специфичность взаимодействия («узнавания») этих молекул. 34

Пространственное соответствие структур участков двух реагирующих биомолекул означает возможность взаимодействий между заряженными, гидрофобными или полярными группами на их поверхности. 1 Например, выступы на поверхности одной молекулы точно совпадают с впадинами на поверхности другой молекулы, а в нужных позициях оказываются атомы и функциональные группы, которые формируют водородные связи или электростатическое притяжение. 2

Также связывание белка с лигандом часто сопровождается конформационными изменениями в молекуле белка, которые повышают совместимость и способствуют более прочному связыванию этих молекул. 1