Комодские вараны считаются угрозой для экосистемы Индонезии по нескольким причинам:

• Хозяйственная деятельность человека. 3 В частности, туризм, заселение территории и истребление привычной для варанов добычи. 3 Например, сокращение популяции тиморского оленя, который является основной пищей варанов. 1
• Природные катаклизмы. 4 Землетрясения, цунами, извержения вулканов делают традиционные территории обитания варанов непригодными для жизни. 4
• Изменение климата. 25 По прогнозам, к 2050 году пригодная среда обитания варанов сократится на 8,4%, 30,2% или 71%. 2

Комодские вараны занесены в Красную книгу МСОП как находящиеся под угрозой исчезновения. 23 Для защиты вида от вымирания в 1980 году был организован национальный парк Комодо. 23