Количество АТ- и ГЦ-пар в ДНК влияет на стабильность двойной спирали, потому что разные пары оснований образуют разное количество водородных связей. 1

АТ связаны двумя, а ГЦ — тремя водородными связями, поэтому на разрыв ГЦ требуется больше энергии. 1 Процент ГЦ-пар и длина молекулы ДНК определяют количество энергии, необходимой для диссоциации цепей: длинные молекулы ДНК с большим содержанием ГЦ более тугоплавки. 1

Кроме того, из-за наличия в водородных связях аминогрупп с пирамидальным строением AT и GC пары могут образовывать некопланарные структуры типа «пропеллера» или «ступеньки». 4 Это приводит к накоплению большой результирующей составляющей электрического дипольного момента вдоль оси спирали. 4